Герб утвержден решением Совета депутатов Шебекинского района и города Шебекино №8 от 26.01.2003 г.
Золотая башня символизирует ратные подвиги русских воинов по защите южных рубежей Русского государства со времен сторожевой и оборонительной службы на Нежигольском участке Белгородской черты в XVII веке до сражений на землях современного Шебекинского района в период Великой Отечественной войны. Две серебрянные подковы символизируют развитые в последние века на территории района земледелие и промышленность. Авторы герба: Пальваль В.М., Пальваль С.В., Шаповалов В.А.